1977年,WalterGilbert和FrederickSanger发明了***台测序仪,并应用其测定了***个基因组序列,噬菌体X174,全长5375个碱基。由此开始,人类获得了探索生命遗传本质的能力,生命科学的研究进入了基因组学的时代,到至今为止的四十年时间内,测序技术已取得了相当大的发展,从***代发展到了第三代测序技术。Sanger所发明的测序方法被称为***代测序技术,该技术直到现在依然被***使用,但是其一次只能获得一条长度在700~1000个碱基的序列,无法满足现代科学发展对生物基因序列获取的迫切需求。高通量测序(High-ThroughputSequencing,HTS)是对传统Sanger测序的**性变革,其解决了一代测序一次只能测定一条序列的限制,一次运行即可同时得到几十万到几百万条核酸分子的序列,因此也被称为新一代测序(NextGenerationSequencing,NGS)或第二代测序。第二代测序技术虽然测序的通量**增加,四川全平台迈杰转化医学NGS平台来电咨询,但是其获得单条序列长度很短,想要得到准确的基因序列信息依赖于较高的测序覆盖度和准确的序列拼接技术,因此**终得到的结果中会存在一定的错误信息。因此,四川全平台迈杰转化医学NGS平台来电咨询,科研人员又发明了第三代测序技术也称为单分子测序技术,该技术在保证测序通量的基础上,对单条长序列进行从头测序。 【迈杰转化医学】开发的dMMR抗体检测试剂,检测费用低,四川全平台迈杰转化医学NGS平台来电咨询,技术成熟,临床易开展。四川全平台迈杰转化医学NGS平台来电咨询
1、Illumina原理:桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像主要步骤:①DNA文库制备——超声打断加接头②Flowcell——吸附流动DN**段③桥式PCR扩增与变性——放大信号④测序——测序碱基转化为光学信号优势劣势:Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题,它的主要测序错误来源是碱基的替换。而读长短(200bp-500bp)也让其应用有所局限。2、Roche454油包水PCR+4种dNTP车轮大战+检测焦磷酸水解发光主要步骤:①DNA文库制备——喷雾打断加接头②乳液PCR——注水入油**PCR③焦磷酸测序——磁珠入孔,焦磷酸信号转化为光学信号优势劣势:454技术优势测序读长较长,平均可达400bp,缺点是无法准确测量类似于PolyA的情况时,测序反应会一次加入多个T,可能导致结果不准确。也正是由于这一原因,454技术会在测序过程中引入插入和缺失的测序错误。3、IonTorrent原理油包水PCR+4种dNTP车轮大战+微电极PH检测主要步骤:①DNA文库制备——喷雾打断加接头②乳液PCR——注水入油**PCR③微电极pH检测——磁珠入池记录pH优势劣势:IonTorrent与454相比,主要差异在测序中,IonTorrent不需要昂贵的物理成像设备,成本相对较低体积较小。四川全平台迈杰转化医学NGS平台来电咨询MSH6抗体试剂 苏苏械备20180569号.
2、IlluminaSolexa测序方法:由Solexa公司开发,2006年发布,于2007年被Illumina收购,并将测序仪命名商品化为IlluminaGenomeAnalyzer(简称GA);Illumina不断升级GA,特别是HiSeq系列测序仪的研发完成,由此打破了***的“摩尔定律”。基本流程:(1)构建测序文库。提取基因组DNA,随机打断成100-200bp片段,末端加上接头;(2)桥式扩增。解链后的单链DN**段两端被分别固定于芯片上,形成桥状结构,进行桥式PCR扩增。经过PCR扩增,产生数百万条待测的DN**段,随后被线性化;(3)测序。将荧光标记的dNTP、聚合酶、引物加入到测序通道启动测序循环。DNA合成时,伴随着碱基的加入会有焦磷酸被释放,从而发出荧光,不同碱基用不同荧光标记,读取到核苷酸发出的荧光后,将3羟基末端切割,随后加入第2个核苷酸,重复***个核苷酸的步骤,直到模板序列全部被合成双链DNA。Illumina现有二代测序平台:MiSeq、HiSeq2500(1000G)、HiSeq3000、HiSeq4000、NextSeq500、HiSeqX10(10台HiSeq2500并行)、HiSeqXFive。
01FGFR简介及信号通路成纤维细胞生长因子受体(FGFR)是高度保守、***分布的跨膜酪氨酸激酶受体,包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4四种受体亚型。成纤维细胞生长因子(FGF)与FGFR结合时,受体二聚化,从而引起受体激酶结构域的细胞内磷酸化、细胞内信号传导和基因转录的级联反应[1]。由FGFR***的信号转导通路包括RAS–RAF–MAPK,PI3K–AKT,STAT和PLC途径,它们参与调控多种生物学过程,如***发育、血管新生、细胞增殖、迁移、抗凋亡等(图1)。图1FGFR信号通路[2-4]当FGFR发生突变或者过表达时,会引起四个关键的下游信号通路的过度***,并进一步诱发正常细胞*变:RAS-RAF-MAPK和PI3K-AKT过度***可分别刺激细胞增殖与分化及抑制细胞凋亡;SATA与促进**侵袭和转移,****逃逸能力密切相关;PLCγ信号通路则是**细胞转移调控的重要途径。 使用北欧免疫组化质控中心NordiQC推荐的IHC抗体组合。
且是随机错误,而不是聚集在读取的两端;③数据可实时读取;④通量很高(30x人类基因组有望在***内完成);⑤起始DNA在测序过程中不被破坏;⑥样品制备简单又便宜;⑦可直接测序RNA。2、PacBioSMRT纳米孔+荧光可逆终止dNTP技术原理:PacBioSMRT技术其实是应用了边合成边测序的思想(使用4色荧光标记4种碱基),其超长读长的关键在于使用了活性持久且高保真的DNA聚合酶,并以SMRT芯片为测序载体(ZMW原理)。优势劣势:①SMRT技术的测序速度很快,每秒约10个dNTP;②错误率较高,达到15%,出错随机,可通过多次测序来进行有效的纠错(如使用Sparc对30X的数据进行分析,错误率可达到);③原始DNA不被破坏;④读长可达10kbp。3、HelicosHeliscope单分子荧光可逆终止技术原理:该技术基于边合成边测序的思想,将DNA随机打断成小片段分别进行dNTP荧光标记,经过不断地重复合成、洗脱、成像、淬灭过程完成测序。主要步骤:①制备:DNA打断加polyA+Cy3②测序:dNTP荧光可逆终止特点:①读取长度约为30-35bp,每个循环的数据产出量为21-28Gb;在测序完成前,各小片段的测序进度不同;②可根据同聚物的合成会导致荧光信号的减弱这一特点来推测同聚物的长度。MLH1抗体试剂 苏苏械备20180519号.河南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐
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3、主要平台提供方ABI公司三、二代测序简介1、Roche454测序:454测序是大规模平行测序的开始。2003年底,454公司推出了基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统—(GS)。2005年454公司被罗氏诊断公司收购,之后优化推出GenomeSequencerFLXSystem(GSFLX)。罗森博格博士是该技术的创始人,也是IonTorrent平台的创始人。454平台的突出优势是长读长(400nt),但准确率低,成本高。是高通量测序的过渡。454测序技术的具体步骤为:(1)构建测序文库。将基因组DNA打碎成300~800个碱基片段后,在两端加上锚定接头;(2)PCR扩增。扩增产生成千上万个拷贝;(3)焦磷酸测序。复制过程中如果发生碱基互补配对,就会释放1个焦磷酸,在一系列酶的催化下,释放出荧光信号,会被CCD捕获到。每个碱基反应都会捕获到1个荧光信号,由此一一对应,模板的碱基序列由此获得。作者:心平气和链接:源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。 四川全平台迈杰转化医学NGS平台来电咨询
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