什么样本可以做二代测序?②
组织样本
新鲜组织:如手术切除的**组织、活检组织等。新鲜组织样本中的细胞完整性较好,能够提供高质量的DNA和RNA。在**研究中,对新鲜**组织进行全基因组测序、转录组测序等,可以深入了解**的基因突变、基因表达变化等情况。例如,在研究结直肠*的发病机制时,对手术切除的结直肠*组织及其*旁组织进行测序,比较两者之间的差异,以发现**相关的基因变异和表达调控异常。
福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织:这是临床上常用的保存组织样本的方式。FFPE组织中的DNA和RNA会有一定程度的损伤和降解,但经过适当的提取和修复处理后,仍然可以用于二代测序。在回顾性研究中,大量的FFPE组织存档样本可以被利用起来。例如,对多年前保存的乳腺*FFPE组织进行测序,研究乳腺*的疾病进展和***反应相关的基因变化。 二代测序可以边合成边测序吗?上海哪里有二代测序价格
③二代测序一般多久出结果?
3、测序深度和覆盖度要求
测序深度是指每个碱基被测序的平均次数,覆盖度是指测序获得的碱基占整个基因组(或目标区域)的比例。如果要求高测序深度和高覆盖度,比如进行**全基因组的深度测序(测序深度可能达到100X甚至更高),需要更长的测序时间来获取足够的数据,并且后续的数据处理和分析也会更复杂。而对于一些简单的基因筛查项目,测序深度要求较低(如10X-20X),相应的测序和分析时间会缩短。例如,低深度全外显子测序用于筛查常见突变,测序可能在3-5天完成;而高深度的全外显子测序用于检测低频体细胞突变,可能需要7-10天甚至更久。 宁夏嘉安健达二代测序流程二代测序的成本比一代测序高吗?
宏基因组二代测序,你了解多少?
宏基因组二代测序(mNGS)是一项覆盖病原谱广且高通量的检测技术,已在临床领域得到了广泛的应用。对于血液病患者,病原mNGS通过对样本快速高通量测序,可以获得更准确、相对无偏倚的病原信息,对病原诊断起到积极的作用,尤其对传统微生物学检测未覆盖到或检测周期较长、阳性率较低的病原可提高检出率。对于临床相关样本应首先完善传统微生物学检测,病理、无菌标本培养仍然是诊断的金标准,病原mNGS是对传统微生物学检测的有力补充和延展而非替代。病原mNGS的报告解读应充分评估检出微生物的致病性、流行病学、生物信息学信息,同时在结合患者临床特征的基础上进行综合判断。
二代测序—全外显子测序的优势
针对性强:它主要聚焦于基因组中编码蛋白质的区域,这部分区域虽然只占整个基因组的 1 - 2% 左右,但包含了大部分与疾病相关的突变。例如,在研究孟德尔遗传病时,很多致病突变都位于外显子区域,通过全外显子测序可以更高效地找到这些突变。
成本效益高:相比于全基因组测序,全外显子测序的成本相对较低。因为它不需要对整个基因组(包括大量的非编码区域)进行测序,在一定程度上减少了数据量和测序成本,同时又能获取大部分有重要功能意义的遗传信息。 二代测序的过程有哪些?
一代、二代、三代测序的技术原理和技术特点分别是什么?
技术原理:
一代—双脱氧终止法
二代—桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像
三代—PacBio SMRT测序技术
技术特点:
一代—只能检测序列一致的PCR产物;读长可以较长,比如Sanger可以达到几百bp;通量低,一次只能检测少量的序列;成本低;
二代—可以并行测序;需要放大信号才能检测;通量大,可以产生上G的reads;读长较短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本较高
三代:可以并行测序;不需要放大信号,对单个分子进行测序;通量大,比如SequelII平台,一张芯片可以有800万个ZMW;读长较长;测序精确度较差;成本高; 单细胞测序也是二代测序。海南二代测序分析
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二代测序的优势和劣势分别有哪些?
优势:能够同时得到大量的序列数据,相比于一代测序技术,通量提高了成千上万倍;单条序列成本非常低廉。
劣势:序列读长较短,Illumina平台为250-300bp,454平台也只有500bp左右;由于建库中利用了PCR富集序列,因此有一些含量较少的序列可能无法被大量扩增,造成一些信息的丢失,且PCR过程中有一定概率会引入错配碱基。想要得到准确和长度较长的拼接结果,需要测序的覆盖率较高导致结果错误较多和成本增加。 上海哪里有二代测序价格
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