5'-3'外切核酸酶活性是指DNA聚合酶能够从DNA链的5'端向3'端切除核苷酸的能力。这种活性通常用于修复受损的DNA或去除错误配对的核苷酸。具体来说,5'-3'外切核酸酶活性可以在DNA合成过程中切除前方的核苷酸,帮助错误或不需要的序列,从而确保DNA的正确复制和修复。在DNA聚合酶中,5'-3'外切核酸酶活性与聚合酶活性相辅相成。聚合酶在合成新链时,5'-3'外切酶活性可以在发现错误时进行修正,确保合成的DNA链的准确性。例如,E.coliDNA聚合酶I具有这种外切酶活性,可以在合成过程中去除错误的核苷酸,从而提高DNA的保真度。需要注意的是,BstDNAPolymerase,LargeFragment不具有5'-3'外切核酸酶活性,这使得它在某些应用中更为稳定,特别是在等温扩增反应中,如LAMP(环介导等温扩增)和RCA(滚环扩增)等。Tn5 转座酶能够特异性识别转座子两端反向重复的 ME 序列,对目标 DNA 的识别具有高度特异性。Recombinant Canine TEM1/cd248 Protein,His Tag
ExoIII(ExonucleaseIII)和Lambda核酸外切酶(λExonuclease)在DNA末端处理上的主要不同点如下:1.**作用方向**:-**ExoIII**:具有3'→5'外切脱氧核糖核酸酶活性,它从DNA链的3'-OH末端逐步切去单核苷酸。-**Lambda核酸外切酶**:是一种5'→3'核酸外切酶,能选择性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的双链DNA。2.**底物特异性**:-**ExoIII**:适底物是平末端或5'末端突出的DNA,但也可以作用于双链DNA切刻位点产生单链缺口。由于对单链DNA无活性,因此难以切割3'突出末端。-**Lambda核酸外切酶**:适底物是5'磷酸化的双链DNA,对单链DNA和5'端未磷酸化修饰的DNA的酶切活性较低,不能从DNA的切刻或缺口处起始消化。3.**活性差异**:-**ExoIII**:对具有3'-突出末端(至少有4个碱基,且具有3'-末端C残基)的DNA、单链DNA、硫代磷酸酯连接的核苷酸无活性。-**Lambda核酸外切酶**:对5'-OH端的切割速度比5'-P端慢约20倍;对单链DNA的酶切速度比双链DNA慢约100倍。4.**应用场景**:-**ExoIII**:可以用于生产特定方向的单链DNA,将线性化DNA设计成为一端为不切割末端(3'突出端),另一端则设计为易切割末端(平端或5'突出端)。
磁珠法提取的DNA通常指的是通过磁珠吸附技术从样本中纯化得到的核酸,而基因组DNA(gDNA)是指一个生物体细胞核中包含的全套遗传信息的DNA。两者的主要区别在于:1.**来源和组成**:-磁珠法提取的DNA可以是基因组DNA,也可以是质粒DNA、线粒体DNA等其他类型的DNA。它是一个广的概念,指的是通过磁珠法技术提取的任何类型的DNA。-基因组DNA特指一个生物体细胞核中的DNA,包含了所有的基因信息,以及可能的非编码区域。它通常包含了大量的碱基对,如人类基因组由大约30亿个碱基对组成。2.**纯度和应用**:-磁珠法提取的DNA的纯度和质量取决于提取过程中的裂解、吸附、洗涤和洗脱步骤,以及磁珠的质量和操作条件。高质量的磁珠法提取的DNA可以用于多种分子生物学实验,如PCR、克隆、测序等。-基因组DNA的提取通常需要考虑其完整性和纯度,以确保后续实验的准确性。基因组DNA提取的难点在于血液样本成分复杂,且白细胞体积占比低,因此提取纯化难度较高。3.**提取方法**:-磁珠法提取DNA是一种高效、快速的核酸提取技术,它利用磁珠表面修饰的特定官能团与核酸的特异性结合,通过外加磁场实现核酸与杂质的快速分离。
BstDNAPolymerase,LargeFragment(嗜热脂肪芽孢杆菌DNA聚合酶大片段)是一种常用于分子生物学实验的酶,特别是在等温DNA扩增技术中。以下是一些关于BstDNAPolymerase,LargeFragment的关键信息:1.**来源**:这种酶来源于嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillusstearothermophilus),是一种热稳定的DNA聚合酶。2.**活性**:BstDNAPolymerase,LargeFragment具有5'到3'的DNA聚合酶活性,并且具有链置换活性,这使得它能够用于等温扩增反应,如环介导等温扩增(LAMP)。3.**热稳定性**:由于其嗜热特性,BstDNAPolymerase,LargeFragment能够在较高的温度下保持活性,通常在60-65°C。4.**应用**:-**等温扩增**:用于LAMP和其他等温扩增技术,这些技术不需要传统的热循环仪。-**全基因组扩增**:用于快速扩增少量DNA样本,以进行进一步的分析。-**突变检测**:在某些情况下,用于检测特定基因的突变。5.**优点**:-**高保真度**:与某些其他DNA聚合酶相比,BstDNAPolymerase,LargeFragment具有较高的保真度。-**快速扩增**:等温扩增技术可以在短时间内快速产生大量DNA。Cas12a还可以高效地在一些重要的工业链霉菌菌株中产生编辑,这些菌株由于毒性而不能使用SpCas9进行编辑。
CUT&RUN和ChIC是两种用于研究蛋白质-DNA相互作用的技术,它们有一些关键的区别:1.**技术原理**:-**ChIC(ChromatinImmunocleavage)**:ChIC技术利用抗体将感兴趣的蛋白与ProteinA-MNase相结合来进行DNA切割。ChIC的优势在于使用TF特异性抗体系住MNase,并只在结合位点裂解。-**CUT&RUN(CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease)**:CUT&RUN技术则是在核的轻微MNase处理后释放单核小体和TF-DNA复合物,留下寡核小体。CUT&RUN通过在冰上进行简短的消化反应,在TF结合的MNase扩散到周边的基因组和裂解可接近的染色质之前在上清中恢复TF-DNA复合物。2.**操作步骤和简便性**:-**ChIC**:ChIC可能需要甲醛固定操作,这可能重新引入了ChIP-seq的一些问题,如交联导致的DNA和蛋白质的化学修饰。-**CUT&RUN**:CUT&RUN简化了操作步骤,使用磁珠固定细胞核,适用于新鲜和冷冻组织样本,缩短了生成DNA测序文库的时间(1-2天)。3.**背景信号和信噪比**:-**ChIC**:ChIC产生的背景信号可能较高,因为它可能涉及到非特异性的DNA切割。
Cas9 NLS在Cas9蛋白的N端和C端都含有SV40 T抗原的核定位序列,这使得Cas9与gRNA形成的复合物。Recombinant Canine TEM1/cd248 Protein,His Tag
T7EndonucleaseI(T7EI)在CRISPR/Cas9基因编辑中的应用主要体现在突变体检测和基因编辑效率评估上。以下是T7EI在CRISPR/Cas9中的具体应用步骤和特点:1.**基因编辑效率评估**:-T7EI用于评估CRISPR-Cas9在给定的导向RNA靶位点上对细胞群体进行基因编辑的效率。-通过PCR扩增围绕CRISPR导向RNA靶位点的基因组DNA,如果CRISPR-Cas9介导的非同源末端连接(NHEJ)修复事件引入了突变,变性和退火将形成突变型和野生型PCR扩增子的异源双链DNA。2.**突变体检测**:-如果CRISPR/Cas9编辑成功在DNA上引入突变,则可与野生型DNA片段退火产生异质双链DNA。T7EI可以识别该DNA上的不完全配对的DNA位点然后进行双链切割,通过琼脂糖凝胶电泳即可显示酶切后的条带,从而半定量判定基因编辑效果。-T7EI能识别长度大于或等于2bp的插入、缺失或突变导致的错配DNA,不能识别1bp的插入、缺失或突变。3.**实验步骤**:-收集细胞并提取基因组DNA,然后使用PCR扩增期望编辑的基因组区域。扩增子的长度建议为0.5-1kb。-对扩增的DNA进行变性和退火复性,以产生异质双链DNA。-使用T7EI酶处理退火后的DNA产物,在37℃孵育15分钟。
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