经县级及以上医院组织**会诊，不能诊断或解释病因，有重症病例或死亡病例发生的疾病。群体性不明原因疾病具有临床表现相似性、发病人群聚集性、流行病学关联性、健康损害严重性的特点。这类疾病可能是传染病（包括新发传染病）、中毒或其他未知因素引起的疾病。分级Ⅰ级特别重大群体性不明原因疾病事件：在一定时间内，发生涉及两个及以上省份的群体性不明原因疾病，并有扩散趋势；或由***卫生行政部门认定的相应级别的群体性不明原因疾病事件。Ⅱ级重大群体性不明原因疾病事件：一定时间内，在一个省多个县(市)发生群体性不明原因疾病；或由省级卫生行政部门认定的相应级别的群体性不明原因疾病事件。Ⅲ级较大群体性不明原因疾病事件：一定时间内，在一个省的一个县（市）行政区域内发生群体性不明原因疾病；或由地市级卫生行政部门认定的相应级别的群体性不明原因疾病事件。工作原则统一领导，上海各类不明原因病原 检测服务、分级响应的原则发生群体性不明原因疾病事件时，上海各类不明原因病原 检测服务，事发地的县级、市（地）级、省级人民**及其有关部门按照分级响应的原则，上海各类不明原因病原 检测服务，启动相应工作方案，作出相应级别的应急反应，并按事件发展的进程，随时进行调整。

细菌，细菌( bacteria)的生物学分类属于原核细胞生物界，广义的细菌概念包括所有原核细胞型微生物，有细菌、放线菌、衣原体、支原体、立克次氏体和螺旋体；狭义的细菌的概念专指其中的细菌。它种类繁多，数量庞大，很具代表性，一般情况下通常是指狭义概念的细菌。1．细菌的大小形态细菌是肉眼看不见，需经显微镜放大几百倍或一千倍才能看见的微小生物。通常以微米(μm)为测量单位。由于细菌是透明的，因此，要经过染色，才可以看见它们的轮廓、形态，甚至结构。通常，电镜观察细菌的超微结构时用nm（1/1000μm）测量其大小，光镜观察细菌时用μm( 1/1000 mm)测量。

近年来,下一代测序技术(Next generation sequencing, NGS)取得了巨大进展,极大的提高了宏基因组学在临床上应用。但使用宏基因组学进行不明原因肺炎病原研究,常常会遇到核酸的偏好性扩增、宿主基因组成分比例过高以及数据分析困难等各种挑战。 通过对临床样本进行低速离心和过滤去除宿主细胞组分,核酸酶消化去除外源性核酸等方法,极大的降低了NGS测序数据中宿主基因组成分。在微量核酸扩增方法的选择上,我们评估了多重置换扩增(Multiple displacement amplification, MDA)和单引物等温扩增(Single primer isothermal amplification, SPIA)对呼吸道病原鉴定的能力,结果显示SPIA扩增均一性和病原检测能力均优于MDA,可将其作为随后病原鉴定的扩增方法。

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